Sur le plan de l’organisation, le suivi du PGE est assuré par une Commission de concertation et de suivi du PGE (commission plénière) qui s’appuie sur les travaux de trois sous-commissions géographiques (Garonne amont, Bassin de l’Ariège et Garonne aval) et d’un Secrétariat technique et administratif (STA).

La Commission plénière, co-présidée par le président du Sméag et le préfet coordonnateur de bassin, est composée d’une centaine de membres répartis en trois collèges (collectivités, Services de l’État, Usagers et associations). Elle intervient sur un territoire qui concerne trois régions, onze départements, 1 445 communes et 2,42 millions d’habitants. Le STA est quant à lui composé des services du Sméag, de la Dreal Midi-Pyrénées (Dreal de bassin), de l’Agence de l’eau Adour-Garonne et de la DDT de Haute-Garonne qui représente les 11 DDT et DDTM concernées.

La Commission plénière s’appuie aussi sur les travaux d’une Commission des usagers et de groupes de travail constitués pour l’établissement du nouveau plan d’actions lors de la révision du PGE.

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